医疗机构污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性和病原体。

因此，必须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。

无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。

常用消毒剂有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。

对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。

医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用外运。